Во текот на организирањето и спроведувањето на референдумот вкупно се регистрирани 40 нарушувања поврзани со остварување на правото на глас и референдумот, соопшти Привремената комисија за следење на кривични дела против изборите и гласањето. Од ВМРО ДПМНЕ, како услов за прифаќање на предвремени избори, бараат разрешување на републичкиот јавен обвинител, и именување на нов кој тие би го предложиле.
Јавниот обвинител, Џељал Бајрами, рече дека нерегуларносите се процесирани до истражните органи, од кои, еден предмет е покренат во текот на кампањата, а другите се на денот на гласањето. Во надлежноста на Вишото јавно обвинителство – Скопје, е и кривичната пријава на ВМРО-ДПМНЕ, партијата „Гласот на Македонија„ и Здружението „Светски македонски конгрес“ против премиерот Зоран Заев, кој според нив, во текот на референдумската кампања во Крива Паланка, повикувал на поткуп на гласачите.
Иако од опозициската парија, ВМРО-ДПМНЕ, велат дека во текот на референдумското гласање имало стотици прекршоци, од истражниот орган велат дека досега од оваа партија не поднеле ниту една претставка.
Сепак од опозициската партија, како услов за прифаќање на предвремени избори, бараат разрешување на републичкиот јавен обвинител, и именување на нов кој тие би го предложиле.
Според привремената комисија на Основното јавно обвинителство, на денот на референдумот, во Скопје се евидентирани 29 прекршоци поврзани со мали инциденти, од кои 27 се решени на 30 септември. Акцент се става на инцидентот во населба Аеродром, каде едно лице во алкохолизирана состојба, влегло во дворот на училиштето викајќи по присутните и полицајците. Обвинителот Бајрами рече дека за сомнежите за полнење на кутиите во Сарај, доколку има индиции за кривично дело на ова место или на некое друго, ќе се покрене кривична пријава. Тој изјави дека немаше ниту еден пријавен прекршок во Куманово, Крива Паланка, Кавадарци и Гевгелија.