Против Гузман се покренати 17 обвиненија, вклучувајќи обвиненија за трговија со дрога, заговор за убиство и перење пари, како и водење криминална организација. Обвинителите го опишуваат Гузман како еден од најопасните шефови на картели со дрога, кој меѓу 1989 и 2014 година ја водеше најголемата организација за трговија со дрога.
Поради безбедносни причини, идентитетот на членовите на поротата се чува во тајност, а за време на четиримесчното судење тие ќе бидат пренесувани од своите домови до судницата со вооружани агенти.
Според обвиненијата, Ел Чапо ги наредил убиствата на илјадници луѓе додека го водел картелот Синалоа, кој прошверцувал над 200 тони дрога од Мексико во САД. Гузман го чека доживотне казна затвор доколку е обвинет по основа на барем едно обвинение.
